La cromoterapia ha origini antiche, poiché l'uomo ha sempre attribuito grande importanza all’influenza dei colori sullo stato d’animo. Egizi, Romani e Greci praticavano l’elioterapia (esposizione alla luce solare) per la cura di diversi disturbi.
I sacerdoti Egizi erano anche medici e le conoscenze erano considerate una scienza segreta da trasmettere solo a pochi eletti.
Gran parte del loro sapere, tramandato dal greco Ermete Trimegisto, è andato perduto nei secoli. Le cognizioni scientifiche da lui riportate, di cui fa parte anche la cromoterapia, sono chiamate "ermetiche".
I Cinesi affidavano il proprio benessere fisico all’azione delle varie tinte: il colore giallo serviva a rimettere in sesto l’intestino, il violetto ad arginare gli attacchi epilettici. In Cina, addirittura, le finestre della camera del paziente venivano coperte con teli di colore adeguato e il malato doveva indossare indumenti della stessa tinta. Negli ultimi anni la cromoterapia ha avuto un notevole sviluppo grazie ai numerosi studi scientifici che evidenziano l’influenza dei colori sul sistema nervoso, immunitario e metabolico.
In India la medicina ayurvedica ha sempre tenuto conto di come i colori influenzino l’equilibrio dei  i centri di energia sottile (chakra) che vengono associati alle principali ghiandole del corpo.